预真空灭菌器是在灭菌前先通过真空泵抽空腔体并且加入蒸汽到达设定的压力和温度，达到灭菌的效果。而脉动真空压力蒸汽灭菌器则将蒸汽引入腔体，泵出部分空气，以增加蒸汽的渗透性和穿透力，并在一定时间内反复进行真空泵出和蒸汽灌注，从而彻底杀灭细菌、病毒等微生物。

因此，与预真空灭菌器相比，脉动真空压力蒸汽灭菌器具有更高的灭菌效率、更好的穿透力和更高的可靠性。在一些需要高标准的医疗、实验室、制药工业和食品加工等领域，后者通常更常用。

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